חינוך ומעורבות חברתית עומדים בליבת חזונו של המוזיאון. כמוסד חינוכי־חברתי, המוזיאון מקדם כל העת תכניות ייחודיות לחיזוק המרקם החברתי של החברה הישראלית, במיוחד בתקופה זו. אגף החינוך מהווה את לב הפעילות הערכית של המוזיאון, ופועל מתוך תפיסה שלפיה חינוך הוא תשתית הכרחית לשינוי חברתי עמוק.

הזרוע החינוכית של המוזיאון מובילה תהליכים משמעותיים באמצעות שתי יוזמות פורצות דרך: בית הספר לתרבות המחלוקת והאקדמיה למנהיגות. שתיהן פועלות לחיזוק זהויות, לקידום חיבורים בין תרבויות וקהילות, להוראת דיאלוג בונה ולטיפוח מנהיגות.