בית המדרש ע"ש משפחת נייג'ל מהווה את המוקד הרוחני של המוזיאון. החלל מאופיין בשפה עיצובית ייחודית הכוללת ארון קודש ובימה מפוסלת, ומשמש בעיקר לקיום חגיגות בר ובת מצווה, טקסים משפחתיים ומעמדים בעלי אופי מסורתי. המרחב מעניק מעטפת מכובדת ואינטימית לאירועים המבקשים לשלב בין מורשת ישראל לבין אדריכלות עכשווית בלב ירושלים.